Till ämbetsverket Specialmyndigheterna inom justitieförvaltningen hör elva självständiga och oberoende myndigheter och en enhet som producerar administrativa tjänster för dessa. Följande specialmyndigheter hör till ämbetsverket:

• Europeiska institutet för kriminalpolitik (HEUNI)
• Konkursombudsmannen
• Konsumenttvistenämnden
• Barnombudsmannen
• Rättegångsbiträdesnämnden
• Olycksutredningscentralen
• Jämställdhetsombudsmannen
• Underrättelsetillsynsombudsmannen
• Dataombudsmannen
• Äldreombudsmannen
• Diskrimineringsombudsmannen

Enheten för administrativa tjänster

Enheten för administrativa tjänster erbjuder stödtjänster för de specialmyndigheter som är verksamma vid ämbetsverket. Den sköter centraliserat bland annat ekonomi-, personal- och informationsförvaltningsuppgifter. Enheten för administrativa tjänster har sju anställda och dess lokaler finns i Böle.